La Compañía de Jesús, que por el año 1700 se encontraba en la provincia de Santa Fe, levantó junto al río Carcarañá la Estancia San Miguel. San Lorenzo, nombrado así por la cercanía con el río homónimo, era un puesto de la estancia, y sus únicos habitantes eran los familiares y peones del encargado de ese puesto.

Luego de la expulsión de los jesuitas en 1768, por orden del rey de España, las tierras de la Estancia se subastan. Uno de los compradores fue Francisco de Aldao que luego las deja a sus hijos. A Félix Aldao le tocaría el terruño donde se encuentra la ciudad de San Lorenzo.

En 1780, la Capilla San Miguel pertenecía a unos franciscanos que reciben en donación un terreno donado por Don Félix Aldao, y en 1796 se mudan a la nueva construcción ubicada en San Lorenzo.