El lugar goza de importancia histórica por haber albergado en sus orígenes a Sancti Spiritu, el primer asentamiento europeo sobre tierras argentinas. La fundación de dicho fuerte se produjo en el año 1527 a manos de Sebastián Gaboto. Si bien tuvo una corta existencia de dos años antes de ser destruido por un incendio, el sitio quedó marcado como referencia para los viajeros.

Gaboto recibió a sus primeros colonos en 1860. En 1884 el gobierno creó la primera Comisión de Fomento, y en 1887 el presidente Domingo Faustino Sarmiento fundó allí la Escuela Normal. Pero el trazado urbano del pueblo fue aprobado recién en 1891, por iniciativa de Lisandro Paganini, momento en que llegó desde la cercana localidad de Maciel el ramal ferroviario.

En 1905 quedó inaugurado el puerto capaz de recibir buques de ultramar, y junto a éste se instalaron una curtiembre y un saladero. Gaboto fue poseedor así de una significativa importancia económica, que alcanzó su auge entre las décadas del ’20 y el ’30, para luego comenzar a decaer hasta llegar al desmantelamiento del muelle en 1945.

Actualmente es un pueblo donde las calles de tierra contrastan con las añosas y lujosas fachadas que aún se conservan en pie. Sus habitantes viven de la pesca, y del turismo que poco a poco descubre este tesoro de la Historia Argentina.