Territorio de querandíes, calchaquíes y timbúes, la propiedad pasó por las manos de distinguidos señores argentinos, hasta finalmente llegar a dominio de Tomás de la Torre, quien en 1874 inició las gestiones para establecer allí un pueblo.

La fundación se concretó el 20 de agosto de 1875 bajo la denominación de Loma de Ávila, para luego conocerse como San José o San José de los Sapos, hasta convertirse en Funes.

De la Torre había diagramado el pueblo considerando el tendido de los rieles del Ferrocarril Central Argentino entre Rosario y Córdoba. El primer tren se detuvo en 1875 y ese mismo año fue terminada la estación para pronto convertirse en el centro de una localidad en franco crecimiento.

En 1888, Pedro Lino Funes le compró a De la Torre las tierras sobre las que se alzaba el pueblo. En 1893 el gobierno rebautizó a la localidad con el apellido del nuevo propietario y cinco años más tarde creó la primera Comisión de Fomento.

Funes obtuvo la categoría de Ciudad en 1991.